Hermann Duncker wird am 24. Mai 1874 in Hamburg als Sohn eines Kaufmanns und einer Lehrerin geboren. 1880/81 besucht er eine Fortbildungsschule in Hamburg und von 1893 bis 1891 ein Gymnasium in Göttingen. Er studiert bis 1894 Musikwissenschaften am Konservatorium in Leipzig und von 1896 bis 1903 Nationalökonomie, Philosophie und Geschichte in Leipzig. Nach der Promotion 1903 arbeitet der seit 1893 der SPD angehörende als Volontär bei der Leipziger Volkszeitung und ist als Wanderredner und als Lehrer an der zentralen Parteischule der SPD tätig. Seit 1898 ist er mit Käthe Döll verheiratet, das Paar hat drei Kinder.

1919 ist Hermann Duncker Mitbegründer der KPD, seit 1923 Lehrer an deren Reichsparteischule und Leiter der Abteilung Bildung und Propaganda in der Zentrale der KPD. Er beteiligt sich am Widerstand gegen den Nationalsozialismus, bis er am 27. Februar 1933 festgenommen wird. Er kommt in das Columbia-Haus, in das Strafgefängnis Spandau und das Zuchthaus Brandenburg-Görden. Nach seiner Entlassung im November 1933 steht er unter Polizeiaufsicht und geht 1936 ins Exil nach Dänemark, Großbritannien, Frankreich, Marokko und schließlich in die USA.

Der 1947 nach Deutschland zurückgekehrte Kommunist arbeitet bis 1949 als Dekan der gesellschaftswissenschaftlichen Fakultät der Universität Rostock und ist anschließend bis zu seinem Tod Direktor der Gewerkschaftshochschule des Freien Deutschen Gewerkschaftsbundes in Bernau. Er verstirbt am 22. Juni 1960 im damaligen Regierungskrankenhaus in der Scharnhorststraße in Berlin-Mitte.