Werner Eggerath wird in Elberfeld als Sohn eines Stuckateurs geboren. Nach dem Besuch der Volksschule arbeitet er als Schlosser, später als Bergmann. 1918 wird er zum Kriegsdienst einberufen und 1919 wieder aus dem Heer entlassen.

Seit 1924 ist Werner Eggerath Mitglied der KPD und gehört dem Roten Frontkämpferbund an. Ab 1929 ist er als Stadtverordneter in Neuß am Rhein politisch aktiv und politischer Leiter der KPD-Ortsgruppe Neuß. 1932 wird er Sekretär des Unterbezirks Wuppertal der KPD und im gleichen Jahr zur Internationalen Lenin-Schule der Kommunistischen Internationale nach Moskau geschickt.

1933 kehrt Werner Eggerath nach Deutschland zurück und versucht dort, die illegale Arbeit mit aufzubauen. Bis Juni 1934 gehört er der Reichsleitung der Revolutionären Gewerkschaftsopposition und zeitweise der illegalen KPD-Landesleitung an und arbeitet als Instrukteur für kommunistische Gruppen im Rhein-Ruhr-Gebiet, bis er am 21. Januar 1935 festgenommen und in das KZ Columbia eingeliefert wird.

Am 24. April 1936 wird Werner Eggerath vom „Volksgerichtshof“ wegen „Vorbereitung zum Hochverrat“ zu 15 Jahren Zuchthaus verurteilt und im Zuchthaus Münster sowie in der Strafanstalt Bochum inhaftiert.

Nach der Befreiung 1945 geht er nach Thüringen, wo er Vorsitzender der Thüringer KPD wird. Zwischen 1947 und 1952 Werner Eggerath Ministerpräsident von Thüringen und von 1957 bis 1960 Staatssekretär für Kirchenfragen. Werner Eggerath stirbt am 16. Juni 1977 in Berlin (Ost).