Emil Winkler wird am 7. Mai 1882 in Peilau im niederschlesischen Reichenbach (heute Pilawa in Polen) geboren. Informationen über sein Leben bis zum Ersten Weltkrieg liegen nicht vor.

Er dient als Soldat und wird mehrfach verwundet. Nach wiederholten Lazarettaufenthalten wird er im August 1915 erneut zum Heeresdienst entlassen. Nach dem Militärdienst geht er zur Polizei und tritt in den Verband Preußischer Polizeibeamten e.V. ein. Neben dem langjährigen Vorsitzenden Ernst Schrader (1877–1936) ist Emil Winkler als Funktionär die herausragende Gestalt dieser Polizeigewerkschaft. Der Sozialdemokrat engagiert sich außerdem als Sekretär der Reichsgewerkschaft der deutschen Polizeibeamten und der Fédération Internationale des Fonctionnaires de Police.

Seit der Trennung von seiner Ehefrau Olga Winkler lebt er mit seiner neuen Lebensgefährtin Frieda Reimann bis zu seinem Tod in Berlin-Schöneberg in der Kurfürstenstraße 163. Am 1. April 1933 tritt Winkler in die NSDAP ein und erhält die Mitgliedsnummer 1.773.648.

Obwohl die Polizeigewerkschaft erst am 1. Dezember 1933 aufgelöst wird, werden Ernst Schrader und Emil Winkler sowie weitere Vorstandskollegen schon am 1. September 1933 aus ihren Wohnungen verschleppt. Winkler kommt erst in das Gefängnis der Geheimen Staatspolizei in der Prinz-Albrecht-Straße und anschließend in das Columbia-Haus, wo er brutal gefoltert wird. Mit schweren Verletzungen wird er in das Konzentrationslager Oranienburg transportiert. Am Morgen des 17. September 1933 wird er in das Staatskrankenhaus der Polizei in der Scharnhorststraße 13 in Berlin-Mitte eingeliefert und verstirbt dort kurz darauf.